1.干热法在干燥的条件下，加热进行灭菌。 
（1）灼烧灭菌将物体置于火焰上，直接烧死附于物体上的微生物。此方法的特点是操作简便、灭菌迅速*。但应用范围有限，仅适用于耐热或供毁灭废弃的物品，如接种针、接种环、试管口或三角瓶口，可通过酒精灯火焰灼烧灭菌。严重污染杂菌的菇体和物体也可用火焰灼烧而灭菌。酒精灯用的酒精浓度以95%为宜，浓度低燃烧不良，热力不足，灼烧灭菌的效果差。 
（2）干热空气灭菌法是指用高温干热空气灭菌的方法。该法适用于耐高温的玻璃和金属制品以及不允许湿热气体穿透的油脂（如油性软膏机制、注射用油等）和耐高温的粉末化学药品的灭菌，不适合橡胶、塑料及大部分药品的灭菌。 
在干热状态下，由于热穿透力较差，微生物的耐热性较强，必须长时间受高温的作用才能达到灭菌的目的。因此。干热空气灭菌法采用的温度一般比湿热灭菌法高。为了保证灭菌效果，一般规定：135-140℃灭菌3-5h；160-170℃灭菌2-4h；180-200℃灭菌0.5-1h；350℃灭菌5分钟。
 
2.湿热法是在有水的条件下加热。如用热水、热蒸汽杀死微生物。实验证明，细胞原生质在含水量高的情况下更易变性凝固，而且蒸汽的穿透力强，在同样温度下，湿热杀菌效果比干热法效果好。主要介绍经常用的巴斯德消毒法、间歇灭菌法、常压灭菌法和高压灭菌法。 
（1）巴斯德消毒法也称低温消毒法。即用较低的温度（60℃～700℃）杀死物品中的病原菌和大多数细菌白勺营养体。此法适用于不耐高温物品的消毒。栽培食用菌时常用的培养料发酵，即利用这个原理杀死其中的有害微生物。 
（2）常压间歇灭菌法利用流通的热蒸汽几次反复杀菌的方法。物品放在蒸锅或蒸笼内，加热至蒸汽上冒后，再继续蒸煮15～20分钟（根据不同的物品而定），以杀死其中的微生物营养细胞。然后冷却，并将灭菌物取出，置室温下或25℃～30℃温箱中培养24小时，让其中芽孢萌发成营养体，再放入蒸锅中以同样的方法加热灭菌。如此连续三次，即可杀死灭菌物的全部芽孢，达到灭菌的目的。此法由于不需加压，只要有普通的家庭用蒸笼即可，但操作需用时间长。间歇灭菌法常用于不耐高温物品的灭菌。 
（3）常压蒸汽灭菌法又称流通蒸汽灭菌法。做法与间歇灭菌法相似，但需延长热处理的时间（4～8小时），使物品中的微生物营养体和芽孢全部死亡，达到一次性灭菌的目的。此方法不仅可以灭菌，而且又有利于培养料中的有机质达到部分分解的目的，加之条件简易，操作方便，因此已被菇农用于制作原种、栽培种的培养基灭菌和熟料栽培的培养料灭菌。 
（4）高压蒸汽灭菌以上两种蒸汽灭菌法，由于是在常压下进行，蒸汽温度只有100℃左右，热处理较长。若利用密闭的蒸锅，使其中的蒸汽不外溢，压力不断上升，使水的沸点不断提高，锅内温度也随之增加。这样杀灭细菌芽孢所需的时间可大大缩短，所以是一种zui有效的灭菌方法。高压蒸汽灭菌时间短，效果可靠，适用于一般培养基和一切耐高温物品的灭菌。
 
3.紫外线灭菌紫外线灭菌是利用辐射因素来灭菌的方法之一。细菌吸收紫外线后，蛋白质和核酸会发生变化，当辐射量超过一定限度时，轻者突变，重者死亡。紫外线灭菌是用紫外线灯管进行的。紫外线的波长为200nm～300nm，均有灭菌效果，其中以260nm的杀菌能力zui强。由于紫外线穿透物质的能力很差，所以只适用于空气和物体表面的灭菌，且要求距照射物以不超过1.2m为宜。接种室和接种箱，常用紫外线灯作为空气和桌面的消毒。紫外线对人的眼粘膜及视神经有损伤作用，应避免直接在紫外灯下工作，更不能直视灯管。
 
4.过滤除菌对于不适宜用热力灭菌的液态和气态物质，可用过滤的方法除去其中的微生物。除菌过滤分为：终端过滤（0.22μm）和非终端过滤（0.45μm）。

5.臭氧消毒：臭氧又称活氧，化学名O3，具有特殊鱼腥味的蓝色气体，具强氧化性，是至今被发现的zui强的氧化剂之一，其氧化能力仅次于氟，在一定浓度下即可转化成氧气，没有任何残留，不会形成二次污染。被誉为“zui清洁的氧化剂和消毒剂”；臭氧对细菌的灭活反应总是进行的很迅速。与其它杀菌剂不同的是：臭氧能与细菌细胞壁脂类双键反应,穿入菌体内部，作用于蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，从而导致细菌死亡。臭氧还作用于细胞内的核物质，如核酸中的嘌呤和嘧啶破坏DNA 

6.甲醛灭菌：它是将甲醛导入甲醛发生器或加热盘或烧杯中（必要时可视空间大小加入高锰酸钾2～3g/m3）,然后加热，使甲醛蒸发成气体而灭菌。甲醛的用量按房间体积计算，一般约为8～9ml/m3（浓度约为37%-40%甲醛液）。当房间温度在24-40℃，相对湿度在65%以上时，甲醛气体灭菌效果较理想。甲醛灭菌的气体发生量、熏蒸灭菌时间、换气时间等应通过验证来确定。甲醛灭菌主要用于洁净室风管等灭菌。