用于冻干箱及冷阱冻干前（后）的灭菌，即利用饱和蒸汽在较短时间内有效杀死微生物及芽胞体，该功能可由自动程序来完成。灭菌时必须使用洁净蒸汽，即必须使用纯蒸汽发生器产生的饱和纯蒸汽来对冻干机进行灭菌操作。该系统由灭菌腔室（冻干箱、冷阱）、水环泵、阀门、管路、温度控制及压力控制系统组成。

SIP工艺流程：
准备阶段 → 箱门锁定 → 升温（预热）阶段 → 保温（灭菌）阶段 → 排气阶段 → 抽空干燥阶段 → 冷却阶段 → 箱门解锁 → 结束程序。 
 
一、准备阶段：
将冻干箱内板层升至正常位置，按要求放置好温度探头，确定冷阱化霜完毕，箱阱阀开启后，关闭箱门，开启控制柜上的记录仪表，将“灭菌F0控制”仪表设定为选定的F0值（F0值应根据工艺要求进行设定，一般为8～30）及计时启始温度值（100～110℃左右），将“灭菌压力控制” 仪表设定好相应的数值（1.1～1.4 bar）,进入SIP自动程序。箱门接近开关动作，箱、阱进气阀关闭，总排出阀关闭，箱、阱排出阀开启，水环泵进水阀开启，水环泵阀开启，水环泵启动，运行约10分钟后，水环泵阀关闭，水环泵运行停止，水环泵进水阀关闭，准备阶段完成。

二、箱门锁定：
气动门锁系统启动，箱门被自动锁定，气密封组件动作，门条移出，密封箱门。操作人员检查门的锁定状况并确认后，给出锁定信号。

三、升温（预热）阶段：
自控系统得到锁定信号后，无菌气阀、无菌氮气阀关闭，蒸汽阀开启，蒸汽旁通阀开启，纯蒸汽进入冻干箱及冷阱内。当箱内压力达到0.02 MPa时，箱排出阀、阱排出阀开启，疏水器阀开启，冷凝水通过疏水器排出。设置于箱排出管道上测温点处的温度不断上升，同时蒸汽旁通阀关闭，纯蒸汽通过无菌滤器进入箱阱内，对无菌滤芯进行灭菌操作。随着蒸汽压力的上升，箱内温度也逐渐上升。

四、保温（灭菌）阶段：
当箱排出口（zui冷点）处的温度上升至“灭菌F0值控制”仪表的计时启始温度时，保温计时开始。纯蒸汽阀会根据“灭菌压力控制”仪表的设定值（一般在1.1～1.4bar范围内）自动开启或关闭，箱内温度逐渐上升至121℃左右。如果纯蒸汽阀未能按设定值关闭，这时箱、阱内的压力就会继续上升（温度也相应上升）。当上升至“灭菌压力控制”仪表的报警点（一般设定在0.16 MPa）时，压力控制仪表就会动作，对纯蒸汽阀强制关闭，同时发出声光报警；如果压力控制仪表仍未能使纯蒸汽阀关闭，压力会继续上升，则位于冷阱上方的电接点压力表就会动作，再次使蒸汽阀关闭（一般设定在0.18 MPa）；若纯蒸汽阀仍未关闭，压力还会继续上升，当达到0.20 MPa时，设置在冻干箱及冷阱顶部的安全阀会自动开启，释放出超压的蒸汽。

五、排气阶段：
满足设定的F0值后，纯蒸汽阀关闭，疏水器阀关闭，总排出阀开启，箱阱内蒸汽排出，压力开始逐步下降。

六、抽空干燥阶段：
当箱内压力降至0.02 MPa时，总排出阀关闭，水环泵进水阀开启，水环泵阀开启，水环泵启动，通过箱排出阀及阱排出阀抽吸箱阱内的水蒸汽。由于残余的水份蒸发，箱阱内逐步达到干燥的目的，同时箱阱内的温度也得到降低。水环泵运行时间设定为30分钟（可调），水环泵运行10分钟时，气密封组件动作，气密封门条被吸回。达到设定时间后，箱排出阀关闭，阱排出阀关闭，水环泵阀关闭，水环泵运行停止，水环泵供水阀关闭，总排出阀开启。

七、冷却阶段：
水环泵的运行虽然可以使箱阱内温度下降，但温度仍然处于较高的状态，因此本机带有强制水冷却系统，在水环泵运行的同时，冷却水进入冻干箱体、冻干箱门及冷阱的冷却夹套内，进行强制降温操作。当冷却水排出口的温度低于30℃时，强制冷却结束。这时开启冷冻机对冻干箱制冷，待流体温度降至20℃时，转而对冷阱降温至20℃，冷却阶段结束，冷冻机运行停止。

八、箱门解锁：
气动门锁系统启动，箱门自动解锁。

九、结束程序：
箱门自动解锁后，箱进气阀、阱进气阀开启，向箱阱内放入无菌空气，为下一次冻干作准备，SIP自动程序结束。